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Covid-19 : un variant plus difficile à détecter découvert en Bretagne

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Un variant du coronavirus SARS-CoV2, plus difficile à détecter par les tests PCR classiques, a été découvert sur huit patients morts de l'hôpital de Lannion (Côtes d'Armor), incitant les autorités à accroître le traçage des cas contacts et à lancer une enquête à son sujet.

Publié le 16/03/2021 à 9:09 - Mise à jour le 16/03/2021 à 9:09
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Un variant du coronavirus SARS-CoV2, plus difficile à détecter par les tests PCR classiques, a été découvert sur huit patients morts de l'hôpital de Lannion (Côtes d'Armor), incitant les autorités à accroître le traçage des cas contacts et à lancer une enquête à son sujet.

Ce variant a été détecté au sein d’un cluster de 79 cas du centre hospitalier de Lannion. C’est la biologiste de l’hôpital qui a donné l’alerte au sujet de patients présentant les “symptômes typiques du Covid” avec “parfois” des résultats de tests PCR négatifs, a expliqué Stéphane Mulliez, directeur de l’Agence régionale de santé (ARS) Bretagne lors d’une conférence de presse.

Sept des huit patients étaient ainsi négatifs aux tests PCR classiques, suite à des prélèvements nasopharyngés. Mais de nouveaux tests, sérologiques ou avec des “prélèvements respiratoires plus profonds”, ont permis d’identifier la présence du Covid-19, selon la même source. 

Ces huit patients “assez âgés” avaient “des facteurs de comorbidité importants”, selon M. Mulliez. 

La difficulté à détecter ce variant ne serait pas lié au fait que les tests PCR ont été réalisés tardivement. “Une des pistes, c’est que le virus transite de manière plus rapide entre les voies respiratoires supérieures et les voies respiratoires inférieures”, a avancé Alain Tertre, responsable de la cellule régionale de Santé Publique France. “Mais ce sont des hypothèses”, a-t-il précisé.

Des échantillons envoyés à l’Institut Pasteur pour établir un séquençage ont mis en évidence un nouveau variant “dérivé du Clade 20C”.

La difficulté à détecter ce variant a poussé les autorités sanitaires à le classer “sous surveillance”, c’est-à-dire dans la catégorie VUI (variant under investigation) de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). 

Il n’est toutefois pas classé dans la catégorie des variants inquiétants (VOC : variant of concern). À ce stade, seuls trois variants sont considérés comme particulièrement préoccupants, les variants anglais, sud-africain et brésilien, notamment pour leur caractère potentiellement plus transmissible.

Pour le variant breton, “les premières analyses (…) ne permettent de conclure ni à une gravité ni à une transmissibilité accrues par rapport au virus historique”, a assuré la direction générale de la Santé (DGS) lundi soir dans un communiqué.

Accélération de la vaccination

“Mais comme ce variant est plus difficilement détectable (…) il est délicat d’apprécier sa transmissibilité et son degré de sévérité”, a nuancé M. Mulliez.

Pour avoir une meilleure connaissance de la diffusion de ce variant, une “enquête flash” de séquençage va être menée sur l’ensemble des prélèvements positifs des laboratoires bretons et sur des échantillons venus des autres régions. 

“Ça va nous permettre de mesurer sur une journée cette circulation du variant (…) et de voir s’il circule dans d’autres régions de France”, a expliqué M. Mulliez.

Il a par ailleurs annoncé un renforcement des modalités de dépistage sur une zone comprenant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix. Un traçage des cas contacts sera réalisé pour les patients présentant des symptômes généraux ou une “perte brutale du goût ou de l’odorat”, même en l’absence de test positif. 

La réalisation de “tests par prélèvement profond avec expectoration” a notamment été évoquée par le directeur de l’ARS.

Une accélération de la vaccination a aussi été annoncée dans les Côtes-d’Armor, en particulier dans la zone où a été détecté le variant. 

Le taux d’incidence du Covid-19 en Bretagne était lundi de 133 cas pour 100.000 habitants, bien inférieur à la moyenne nationale (243). Dans la zone de Lannion-Trégor, l’incidence était même inférieure à la moyenne bretonne avec 73 cas pour 100.000 habitants.

“Ceci est très difficile à analyser car il y a aussi la présence d’un variant plus difficilement détectable”, a noté M. Mulliez.

L’apparition de variants est un processus naturel, le virus acquérant des mutations au fil du temps, pour assurer sa survie. Plus de 4.000 variants du SARS-CoV-2 ont été identifiés dans le monde, selon les services de santé britanniques.

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