mercredi 14 avril 2021
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Covid-19 : un variant plus difficile à détecter découvert en Bretagne

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Un variant du coronavirus SARS-CoV2, plus difficile à détecter par les tests PCR classiques, a été découvert sur huit patients morts de l'hôpital de Lannion (Côtes d'Armor), incitant les autorités à accroître le traçage des cas contacts et à lancer une enquête à son sujet.

Publié le 16/03/2021 à 9:09 - Mise à jour le 16/03/2021 à 9:09
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Un variant du coronavirus SARS-CoV2, plus difficile à détecter par les tests PCR classiques, a été découvert sur huit patients morts de l'hôpital de Lannion (Côtes d'Armor), incitant les autorités à accroître le traçage des cas contacts et à lancer une enquête à son sujet.

Ce variant a été détecté au sein d’un cluster de 79 cas du centre hospitalier de Lannion. C’est la biologiste de l’hôpital qui a donné l’alerte au sujet de patients présentant les « symptômes typiques du Covid » avec « parfois » des résultats de tests PCR négatifs, a expliqué Stéphane Mulliez, directeur de l’Agence régionale de santé (ARS) Bretagne lors d’une conférence de presse.

Sept des huit patients étaient ainsi négatifs aux tests PCR classiques, suite à des prélèvements nasopharyngés. Mais de nouveaux tests, sérologiques ou avec des « prélèvements respiratoires plus profonds », ont permis d’identifier la présence du Covid-19, selon la même source. 

Ces huit patients « assez âgés » avaient « des facteurs de comorbidité importants », selon M. Mulliez. 

La difficulté à détecter ce variant ne serait pas lié au fait que les tests PCR ont été réalisés tardivement. « Une des pistes, c’est que le virus transite de manière plus rapide entre les voies respiratoires supérieures et les voies respiratoires inférieures », a avancé Alain Tertre, responsable de la cellule régionale de Santé Publique France. « Mais ce sont des hypothèses », a-t-il précisé.

Des échantillons envoyés à l’Institut Pasteur pour établir un séquençage ont mis en évidence un nouveau variant « dérivé du Clade 20C ».

La difficulté à détecter ce variant a poussé les autorités sanitaires à le classer « sous surveillance », c’est-à-dire dans la catégorie VUI (variant under investigation) de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). 

Il n’est toutefois pas classé dans la catégorie des variants inquiétants (VOC : variant of concern). À ce stade, seuls trois variants sont considérés comme particulièrement préoccupants, les variants anglais, sud-africain et brésilien, notamment pour leur caractère potentiellement plus transmissible.

Pour le variant breton, « les premières analyses (…) ne permettent de conclure ni à une gravité ni à une transmissibilité accrues par rapport au virus historique », a assuré la direction générale de la Santé (DGS) lundi soir dans un communiqué.

Accélération de la vaccination

« Mais comme ce variant est plus difficilement détectable (…) il est délicat d’apprécier sa transmissibilité et son degré de sévérité », a nuancé M. Mulliez.

Pour avoir une meilleure connaissance de la diffusion de ce variant, une « enquête flash » de séquençage va être menée sur l’ensemble des prélèvements positifs des laboratoires bretons et sur des échantillons venus des autres régions. 

« Ça va nous permettre de mesurer sur une journée cette circulation du variant (…) et de voir s’il circule dans d’autres régions de France », a expliqué M. Mulliez.

Il a par ailleurs annoncé un renforcement des modalités de dépistage sur une zone comprenant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix. Un traçage des cas contacts sera réalisé pour les patients présentant des symptômes généraux ou une « perte brutale du goût ou de l’odorat », même en l’absence de test positif. 

La réalisation de « tests par prélèvement profond avec expectoration » a notamment été évoquée par le directeur de l’ARS.

Une accélération de la vaccination a aussi été annoncée dans les Côtes-d’Armor, en particulier dans la zone où a été détecté le variant. 

Le taux d’incidence du Covid-19 en Bretagne était lundi de 133 cas pour 100.000 habitants, bien inférieur à la moyenne nationale (243). Dans la zone de Lannion-Trégor, l’incidence était même inférieure à la moyenne bretonne avec 73 cas pour 100.000 habitants.

« Ceci est très difficile à analyser car il y a aussi la présence d’un variant plus difficilement détectable », a noté M. Mulliez.

L’apparition de variants est un processus naturel, le virus acquérant des mutations au fil du temps, pour assurer sa survie. Plus de 4.000 variants du SARS-CoV-2 ont été identifiés dans le monde, selon les services de santé britanniques.

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